Η Ειδική Υπηρεσία "Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ Υ.Π.ΕΝ., Τομέα Περιβάλλοντος" συστάθηκε με το Νόμο 4314/2014 (ΦΕΚ 265/Α΄/23.12.2014). Η διάρθρωση, οι αρμοδιότητες και τα προσόντα για τη στελέχωσή της καθορίζονται με την ΚΥΑ 100008/ΕΥΘΥ 936/28.09.2016 (ΦΕΚ 3296/Β΄/13.10.2016).
Αποτελεί συνέχεια της Ειδικής Υπηρεσίας Συντονισμού Περιβαλλοντικών Δράσεων (Ε.Υ.Σ.ΠΕ.Δ.), η οποία είχε συσταθεί με το Νόμο 3614/2007 (ΦΕΚ 267/Α΄/3.12.2007) και ειδικότερα με τα άρθρα 5, 10, 12 και 18 αυτού. Η διάρθρωση και οι αρμοδιότητές της καθορίζονταν με την ΚΥΑ 19883/2008 (ΦΕΚ 1957/Β΄/23.9.2008), όπως τροποποιήθηκε με την ΚΥΑ 15078/2012 (ΦΕΚ 980/Β΄/29.3.2012).